合理轮作。十字花科根肿病的病原菌在土壤中存活时间较长。可达5年以上，因此可选择在该病发生严重的田块实施科学轮作，有效避免病害发生。
种子处理。种植前用新高脂膜拌种可保温、保湿、吸胀，提高种子发芽率，使幼苗健壮。驱避地下虫害，隔离病毒感染。
调节土壤pH值。对已经发病的地块，在出茬清园后撒施石灰粉，灌水、覆膜、关闭大棚，闷棚7～10天，进行灭菌杀虫，在调节土壤pH值的同时还可减轻土壤盐碱化，减轻根肿病发生程度。
使用优质有机肥。少施氮肥，氮肥会促进根肿病加重发生。对于已经发生根肿病的田块，要增施有机肥、蘑菇菌渣肥等，可以抑制根肿病。